Meccanismo responsabile di riarrangiamenti genomici in seguito ad appaiamento errato tra sequenze omologhe per struttura ma non per posizione di due cromosomi omologhi. L'appaiamento errato puo' essere favorito dalla somiglianza tra corte sequenze di basi in posizioni non omologhe o da una preesistente duplicazione genica piu' o meno estesa. Un crossing over nella regione mal appaiata puo' portare a duplicazione in alcuni gameti e a delezione in altri e favorisce ulteriori eventi di crossing-over diseguale con formazione di triplicati ecc.